จากบริบทในปัจจุบันที่ประเทศไทยเข้าสู่ระยะฟื้นฟูประเทศหลังโควิด 19 และจากนโยบายของรัฐบาลใหม่ที่ต้องเร่งรัดการแก้ไขปัญหาเศรษฐกิจและสังคมเป็นลำดับต้น และสำหรับการดำเนินงานในภาคสุขภาพ แม้ว่าประเด็นของความมั่นคงทางสุขภาพจะได้รับการบรรจุเป็นนโยบายสำคัญ แต่นโยบายสุขภาพอื่น ๆ มีความสำคัญเช่นเดียวกัน และเพื่อให้การขับเคลื่อนความมั่นคงด้านสุขภาพสามารถบรรลุได้ตามแผนและประเทศไทยมีขีดความสามารถตาม IHR core capacities เพียงพอสำหรับรองรับการระบาดในอนาคต 

ในปีที่ 3 แผนงานฯ เน้นเป้าหมายสำคัญในการดำเนินงาน ได้แก่ 1. การรักษา momentum เพื่อขับเคลื่อนการดำเนินงานด้านความมั่นคงทางสุขภาพ ในระดับนโยบายให้อยู่ในระดับสูงอย่างเพียงพอและต่อเนื่อง และส่งเสริมความตระหนักรู้แก่ประชาชน 2. สนับสนุนการดำเนินการสำคัญในระบบปกติตามข้อแนะนำจากผลการประเมิน JEE และการประเมินอื่น ๆ ที่สำคัญเพื่อเพิ่มขีดความสามารถด้านสาธารณสุขฉุกเฉินและการเตรียมความพร้อมในช่วงระหว่างการระบาด (Interpandemic) ตามบทบาทของ WHO-CCS ในฐานะ catalyst โดยผลักดันผ่านกิจกรรมสำคัญ 3 กลุ่ม ได้แก่ 1. การสร้างและจัดการความรู้ โดยดำเนินงานต่อเนื่องจากปีที่ 2 และเน้นยุทธศาสตร์ การสื่อสาร เผยแพร่ความรู้ ด้วยวิธีการต่าง ๆ ที่เหมาะสมกับกลุ่มเป้าหมาย และใช้การจัดการความรู้เป็นกลวิธีหนึ่งในการสร้างโมเมนตัมและการสร้างความตระหนักรู้แก่ประชาชนในประเด็นต่าง ๆ 2. การติดตามประเมินผล โดยสนับสนุนหน่วยงานหลักในการนำเครื่องมือประเมินขีดความสามารถด้านสาธารณสุขฉุกเฉินในระดับจังหวัด ไปนำร่อง (pilot) ในจังหวัดต่าง ๆ และปรับปรุงเครื่องมือ และเผยแพร่อบรมเพื่อขยายผลเตรียมความพร้อมแก่จังหวัดต่าง ๆ และคาดว่าทุกจังหวัดจะมีการนำเครื่องมือไปใช้และมีผลการประเมินรายจังหวัด ก่อนจะมีการประเมิน JEE ในครั้งต่อไป (ค.ศ. 2027) 3. การจัด platform ให้มีการแลกเปลี่ยนเรียนรู้และ policy dialogue ในประเด็นสำคัญ (กลุ่มเป้าหมายได้แก่ ผู้กำหนดนโยบาย บุคลากรด้านสุขภาพ และประชาชน)

สำหรับการดำเนินงานในปีที่ 2 นอกจากการขับเคลื่อนผลผลิตงานวิจัยเชิงระบบในปีที่ 1 แล้ว ทิศทางการดำเนินงานในปีที่ 2 จำเป็นต้องมีการปรับเพื่อให้สอดคล้องกับสถานการณ์และบริบทปัจจุบัน ซึ่งการระบาดของโควิด 19 ได้ผ่านพ้นภาวะวิกฤตและกลายเป็นโรคประจำถิ่นแล้ว แผนงานฯ ได้วิเคราะห์และเห็นโอกาสและช่องว่างสำคัญที่จะทำหน้าที่เป็น catalytic เพื่อส่งเสริมการขับเคลื่อนแผนยุทธศาสตร์การเตรียมความพร้อมของประเทศโดยช่องว่างที่สำคัญในขณะนั้น คือ ยังขาดผู้จัดการในการจัดการความรู้ที่จะรวบรวมความรู้ที่เกิดขึ้นมากมายในช่วงที่มีวิกฤตโควิด 19 เช่น การวิจัยและพัฒนาต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับ health security เพื่อใช้แก้ไขปัญหาในช่วงวิกฤต การถอดบทเรียนการดำเนินงานที่สำคัญในระดับประเทศและในพื้นที่ช่วงที่มีการระบาด ซึ่งหากมีการจัดการความรู้อย่างเป็นระบบ โดยมีศูนย์กลาง/platform ในการรวบรวมและจัดการความรู้ ร่วมมือกับหน่วยงานต่าง ๆ และเผยแพร่ข้อมูล เพื่อช่วยเร่งรัดการเข้าถึงข้อมูลและความรู้เพื่อนำไปใช้ประโยชน์และเตรียมการสำหรับการระบาดในอนาคต รวมทั้งเป็นส่วนหนึ่งในการส่งเสริมนวัตกรรมและสนับสนุนการปรับเปลี่ยนวัฒนธรรมให้เกิดสังคมแห่งการเรียนรู้ 

นอกจากนี้ ในปีที่ 2 จะสร้างความเข้มแข็งของเครือข่ายนักวิจัยและพัฒนานโยบายและระบบสุขภาพอย่างเป็นระบบ โดยสนับสนุนให้เกิดแผนการพัฒนาขีดความสามารถของประเทศในระยะยาว ทั้งนี้ จะมีการวิเคราะห์สถานการณ์และขีดความสามารถในสาขาต่างๆ ของประเทศที่จำเป็นต่อการสร้างขีดความสามารถด้าน health security และ health system resilience การรวบรวมความก้าวหน้าการดำเนินการที่สำคัญ (taking stock) การวิเคราะห์ผู้มีส่วนได้ส่วนเสียสำคัญ และนำมาจัดทำแผนในระยะยาว ที่เกิดจากการมีส่วนร่วมของผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย (ทั้งในกระทรวงสาธารณสุข กระทรวง อว. ภาคส่วนต่าง ๆ ชุมชน ภาคประชาสังคมและภาคีสำคัญในระดับนานาชาติ) รวมถึงแผนนี้ควรเป็นแผนที่เกิดจากความร่วมมือระหว่างสหสาขาวิชาชีพและบูรณาการงานของภาคีต่าง ๆ ซึ่งต่างเป็นองคาพยพสำคัญที่จะขับเคลื่อนระบบสุขภาพให้มีความเข้มแข็งและยั่งยืน (Health system resilience for health security) 

โดยสรุป ในปีที่ 2 มีการดำเนินงานในประเด็นสำคัญ 2 ด้านได้แก่ 1. การต่อยอดโครงการการดำเนินงานของโครงการในปีที่ 1 ซึ่งมีบางโครงการจะต้องมีการสนับสนุนต่อเนื่องและการนำผลการวิจัยไปเผยแพร่และเชื่อมโยงกับฝ่ายนโยบายเพื่อผลักดันการพัฒนาเชิงระบบต่อไป และ 2. เป็นศูนย์กลางในการรวบรวมและจัดการองค์ความรู้ที่สำคัญด้าน health security ร่วมกับหน่วยงานต่างๆ ทั้งในประเทศและในระดับนานาชาติ ร่วมกับหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งในประเทศและในระดับนานาชาติ รวมถึงการพัฒนาเครือข่ายและขีดความสามารถด้าน health security โดยรวบรวม KM packages ที่สำคัญ

แผนปฏิบัติการในปีที่ 1 มีเป้าหมายสำคัญคือการเพิ่มขีดความสามารถด้านสาธารณสุขฉุกเฉินของประเทศตามแผน 5 ปี โดยแบ่งการดำเนินงานเป็น 3 ด้านสำคัญ คือ 1) การสร้างและจัดการความรู้ 2) การติดตามประเมินผล 3) capacity building and networking ทั้งนี้ การดำเนินการในปีที่ 1 เน้นการสนับสนุนประเด็นนโยบายและการพัฒนาเชิงระบบของประเทศ โดยเฉพาะประเด็นการปฏิรูปด้านสาธารณสุข (Big Rock 1 Health security) และสนับสนุนการดำเนินงานในบริบทที่ประเทศไทย ยังอยู่ในช่วงที่มีวิกฤตจากการระบาดของโควิด 19 

เนื่องจาก PHE Program เป็นแผนงานใหม่ ในปีแรกจึงใช้กลยุทธ์ในการหา potential partner จากหน่วยงานต่าง ๆ ทั่วประเทศ โดยการเปิดรับข้อเสนอโครงการที่สอดคล้องกับ national priorities ที่แผนงานกำหนดจาก 1) การวิเคราะห์ Official reports 3 รายงาน ได้แก่ the report of the Review Committee on the Functioning of the International Health Regulations (2005) during the COVID-19 Response (hereafter the ‘COVID-19 IHR review’) , the report of the Independent Panel for Pandemic Preparedness and Response Review (IPPPR) and the report of the Independent Oversight and Advisory Committee (IOAC) for the WHO Emergencies Programme 2) ผลการประเมินขีดความสามารถของประเทศจาก Joint External Evaluation 2017 และ GHSA (Global Health Security Agenda) และ 3) นโยบายสำคัญของประเทศที่เกี่ยวข้องกับความมั่นคงทางสุขภาพ โดยเฉพาะประเด็นการปฏิรูปประเทศด้านสาธารณสุข Big Rock 1: Health Security สำหรับการดำเนินงานด้าน AMR ที่เป็นส่วนหนึ่งภายใต้ PHE program ได้มีการกำหนด national priorities ซึ่งสอดคล้องตามแผนยุทธศาสตร์ชาติและให้ความสำคัญกับระบบติดตามประเมินผล 

แผนงานฯ ได้ให้ทุนสนับสนุนโครงการที่ผ่านการคัดเลือกซึ่งต้องสอดคล้องกับ national priorities โดยมีโครงการที่ได้รับคัดเลือกจำนวน 8 โครงการ (เป็นโครงการใน PHE area 6 โครงการ และ AMR 2 โครงการ) ครอบคลุมประเด็นนโยบายและประเด็นการปฏิรูปที่สำคัญ ซึ่งผลการดำเนินงานของโครงการในปีที่ 1 จะได้นำไปเผยแพร่และขับเคลื่อนเพื่อพัฒนาในระดับนโยบายและเชิงระบบในปีที่ 2 ต่อไป